Патент №2511002 - Способ проектирования первичной структуры белка с заданной вторичной структурой

Изобретение относится к компьютерному способу, использующему биохимические базы данных при разработке новых белковых соединений. Проектирование осуществляется оператором с помощью специально написанной программы PROTCOM на основе использования базы данных пентафрагментов белков. Процесс проектирования состоит в задании и введении в программу PROTCOM начальной последовательности из пяти аминокислот (заданного начального пентафрагмента) и десятизначного числа, записанного в двоичной системе, являющегося описанием вторичной структуры заданного начального пентафрагмента. Проводится поиск этой последовательности в папке базы данных, с номером, соответствующим заданному десятизначному числу. Поиск производят до тех пор, пока заданный начальный пентафрагмент не будет найден в базе данных. После его нахождения считают этот пентафрагмент первым из возможного числа N пентафрагментов проектируемой первичной структуры белка и производят его запись вместе с десятизначным номером папки, описывающим его вторичную структуру, в рабочий файл программы. Далее задают вторичные структуры каждого последующего из (N-1) пентафрагментов путем введения того же или измененного десятизначного числа, описывающего вторичную структуру предыдущего пентафрагмента в программу и проводят поиск в базе данных пентафрагментов, содержащих четыре аминокислоты каждого из (N-1) пентафрагментов, записанных в рабочем файле и одну новую. При нахождении таких пентафрагментов производят выбор одной из новых аминокислот и присоединение ее к четырем последним аминокислотам предыдущего пентафрагмента, запись новой аминокислоты и десятичного номера папки, описывающего вторичную структуру каждого найденного пентафрагмента в рабочий файл. Спроектированной первичной структурой белка считают полученную в рабочем файле последовательность аминокислот, с соответствующим описанием ее вторичной структуры. Предложенный способ проектирования первичной структуры белка существенно упрощает и ускоряет задачу проектирования белков с заданной вторичной структурой. 5 ил., 21 табл., 2 пр.